133
Алгоритм идентификации генов, кодирующих бета-лактамазы стх-м-типа, методом анализа полиморфизма длин рестрикционных фрагментов ПЦР-продукта / С. Д. Прямчук [и др.] // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология : научно-теоретический журнал. - 2011. - N 4. - С. 7-13. - Реферирована. - ISSN 0208-0613
Доп. точки доступа:
Прямчук, С. Д.
Фурсова, Н. К.
Анисимова, В. А.
Ковалев, Ю. Н.
Кужельная, Е. Н.
Абаев, И. В.
Светоч, Э. А.
MeSH-главная:
БЕТА-ЛАКТАМАЗЫ (генетика)
ДНК СЛЕДОВАЯ ИДЕНТИФИКАЦИЯ (методы)
ПОЛИМОРФИЗМ ДЛИНЫ РЕСТРИКЦИОННЫХ ФРАГМЕНТОВ
ПОЛИМЕРАЗНАЯ ЦЕПНАЯ РЕАКЦИЯ (методы)
Аннотация: Предложен алгоритм пошаговой идентификации генов blaстх-м, детерминирующих устойчивость к цефалоспоринам 3-4 поколений у грамоотрицательных бактерий, который позволяет определить 49 генов из 96, размещенных к настоящему времени в базе данных GenBank. Остальные 47 генов определяются в составе небольших подгрупп, включающих от 2 до 6 генов, за исключением подгруппы blacтх-м-14-подобных генов, состоящей из 13 генов. Идентификацию генов blactx-м проводят с помощью двухэтапного метода анализа полиморфизма длин рестрикционных фрагментов ПЦР-продукта (ПЦР-ПДРФ) размером 544 п. н. На первом этапе с помощью рестриктазы Alu I определяют принадлежность гена к одному из 5 подтипов (кластеров) генов blaстх-м: кластеру 1, кластеру 2, кластеру 8, кластеру 9 или кластеру 25. Кроме того, уже на этом этапе идентифицируют 4 гена: blaстх-м-59 (кластер 2); blaстх-м-63 (кластер 8), blaстх-м-45 (кластер 9) и blaстх-м-78 (гибрид между кластерами 2 и 25). На втором этапе пошагово идентифицируют гены внутри каждого кластера отдельно с помощью набора из 26 эндонуклеаз рестрикции. Таким образом, в результате ПЦР-ПДРФ-анализа определяют до индивидуального типа 23 гена кластера 1, 11 генов кластера 2, 4 гена кластера 8, 9 генов кластера 9, 1 ген кластера 25, а также 2 гибридных гена: blaстх-м-78 (гибрид между кластерами 2 и 25) и blaстх-м-64 (гибрид между кластерами 1 и 9). Описанный алгоритм использован для идентификации генов blaстх-м (n=585) в коллекции нозокомиальных изоляторов бактерий семейства Enterobacteriaceae (n=877), выделенных в РФ в 2003-2007 гг. Показано, что большинство генов принадлежало кластеру 1 (n=543), внутри которого в подавляющем большинстве был определен ген blaстх-м-15 (n=515). Среди остальных типов были идентифицированы blaстх-м-3 (n=25), blaстх-м-22 (n=1), blaстх-м-23 (n=1) и blaстх-м-34 (n=1). Кроме того, были идентифицированы гены blaстх-м-2 (n=1) и blaстх-м-5 (n=4), относящиеся к кластеру 2, а также гены blaстх-м-9 (n=2) и blaстх-м-14 (n=35), относящиеся к кластеру 9.